Կառավարումն իրականացվում է Հայաստանի Հանրապե­տու­թյան օրենսդրությանը և «Ճգնաժամային կա­ռա­վարման պե­տական ակադեմիա» պետական ոչ առևտրային կազմակեր­պու­թյան կանոնադրությանը (ՀՀ կառավարության 2005 թվականի հունիսի 22-ի թիվ 1055-Ն որոշում) համապատասխան:

Ակադեմիայի կառավարումը հիմնված է ինքնավա­րու­­­թյան, միանձնյա, կոլեգիալ կառավարման զուգակց­ման, ինչպես նաև կարևորագույն հարցերի լուծմանը կոլեկտիվի մասնակցության սկզբունքների հիման վրա:

Ակադեմիայի կառավարումն իրականացնում է Հայաստա­նի Հանրապետության կառավարությունը, նրա կողմից լիազոր­ված մարմինը` Հայաստանի Հանրապետության արտակարգ ի­րա­վիճակների նախա­րա­րու­թյունը, կոլեգիալ կա­ռա­վարման մար­մին­ները` ակադեմիայի  խորհուրդը,  գիտական խորհուրդը և ռեկտորը:

Ակադեմիայի կառավարման բարձրագույն մարմինն ակա­դեմիայի խորհուրդն է` կոլեկտիվի ներկայացուց­չական ժողովը:

Ակադեմիայի խորհուրդի անդամների թիվը չի գերա­զանցում կոլեկտիվի անդամների թվի 15 տոկոսը, իսկ խորհրդի անդամների 25 տոկոսը կազմում են ուսանող­նե­րը: Ակադեմիայի խորհրդի կազմում ի պաշտոնե ընդ­գրկվում են ռեկտորը, պրո­ռեկտորը, ռեկտորի խորհրդա­կանը, ուսումնական բաժնի պետը, գլխավոր հաշվապահը, ամբիոնների վարիչները, գիտահետա­զոտա­կան բաժնի պետը, գրադարանի վարիչը, ինչպես նաև ակա­դեմիայի այլ կառուցվածքային ստորաբաժանումների ղե­կա­վարներ: Խորհրդի նիստերը գումարվում են առնվազն տարե­կան մեկ անգամ:

Ակադեմիայի գիտական խորհուրդը ակադեմիայի ուսումնական, գիտական և գիտատեխնիկական գործու­նեու­թյունը համակարգող ու կարգավորող մարմին է:

Գիտական խորհրդի կազմում ընդգրկվում են ռեկ­տորը (նախագահ), պրոռեկտորները, ռեկտորի խորհրդա­կանները, գի­տական քարտուղարը, ուսումնա­կան բաժնի պետը, գլխավոր հաշ­վապահը, ֆակուլտետ­ների դեկաննե­րը, ամբիոնների վա­րիչ­­նե­րը, գրադարանի ղեկավարը, ինչպես նաև կառուց­ված­քա­յին ստորաբաժա­նումների ղե­կա­վարները, հանրապետության գի­տության և կրթության բնագավառի առաջատար մասնագետ­ները:

Ակադեմիայի ռեկտորատը ռեկտորին կից խորհրդակ­ցական մարմին է: Խորհրդի և գիտական խորհրդի նիստե­րի միջև ընկած ժամանակահատվածում ռեկտորատն իր լիազորու­թյունների սահմաններում քննարկում է ակադե­մի­այի գործու­նեու­թյան բոլոր ոլորտներին վերաբերող հար­ցերը, խորհրդի, գիտական խորհրդի որոշումների կա­տա­րումների կատարման ընթացքը:

Ռեկտորատի որոշումները կենսագործվում են ռեկտորի հրամաններով:

Ակադեմիայի ընթացիկ գործունեության ղեկավա­րումն իր իրավասության սահմաններում իրականացնում է ռեկտորը: